CMLAngle getNewAngle(CMLAngle ang) { String[] a = ang.getAtomRefs3(); CMLAngle angle = new CMLAngle(ang); if (finalAtomSet.contains(a[2])) { String[] aa = new String[3]; aa[0] = a[2]; aa[1] = a[1]; aa[2] = a[0]; angle.setAtomRefs3(aa); } return angle; }
/** set atomRefs3 attribute. * * @param atom0 * @param atom1 * @param atom2 */ public void setAtomRefs3( CMLAtom atom0, CMLAtom atom1, CMLAtom atom2) { this.setAtomRefs3( new String[]{ atom0.getId(), atom1.getId(), atom2.getId() }); }