protected boolean isSamePosRefAlt(Variant query, Variant v) { return v.onSameRegion(query) && v.getReference().equals(query.getReference()) && v.getAlternate().equals(query.getAlternate()); }
static boolean onSameVariant (Variant a, Variant b){ return a.onSameRegion(b) && StringUtils.equals(a.getReference(), b.getReference()) && StringUtils.equals(a.getAlternate(), b.getAlternate()); }