protected void setupCommandLine(boolean inline, CommandLine cmd) { for (String option : options) { cmd.addArgument(option, false); } // setup input and output files if (inline) { cmd.addArgument("${input}", false); } else { if (isOutputAfterInput()) { cmd.addArgument("${input}", false); cmd.addArgument("${output}", false); } else { cmd.addArgument("${output}", false); cmd.addArgument("${input}", false); } } }