public void parseOBODoc(OBODoc obodoc) throws OBOFormatParserException { Frame h = new Frame(FrameType.HEADER); obodoc.setHeaderFrame(h); parseHeaderFrame(h); parseZeroOrMoreWsOptCmtNl(); while (s.eof() == false) { parseEntityFrame(obodoc); parseZeroOrMoreWsOptCmtNl(); } // set OBO namespace in frames final String defaultOboNamespace = h.getTagValue(OboFormatTag.TAG_DEFAULT_NAMESPACE, String.class); if (defaultOboNamespace != null) { addOboNamespace(obodoc.getTermFrames(), defaultOboNamespace); addOboNamespace(obodoc.getTypedefFrames(), defaultOboNamespace); addOboNamespace(obodoc.getInstanceFrames(), defaultOboNamespace); } }
/** * @param obodoc obodoc * @throws OBOFormatParserException parser exception */ public void parseOBODoc(OBODoc obodoc) { Frame h = new Frame(FrameType.HEADER); obodoc.setHeaderFrame(h); parseHeaderFrame(h); h.freeze(); parseZeroOrMoreWsOptCmtNl(); while (!stream.eof()) { parseEntityFrame(obodoc); parseZeroOrMoreWsOptCmtNl(); } // set OBO namespace in frames String defaultOboNamespace = h .getTagValue(OboFormatTag.TAG_DEFAULT_NAMESPACE, String.class); if (defaultOboNamespace != null) { addOboNamespace(obodoc.getTermFrames(), defaultOboNamespace); addOboNamespace(obodoc.getTypedefFrames(), defaultOboNamespace); addOboNamespace(obodoc.getInstanceFrames(), defaultOboNamespace); } }
/** * @param obodoc obodoc * @throws OBOFormatParserException parser exception */ public void parseOBODoc(OBODoc obodoc) { Frame h = new Frame(FrameType.HEADER); obodoc.setHeaderFrame(h); parseHeaderFrame(h); h.freeze(); parseZeroOrMoreWsOptCmtNl(); while (!stream.eof()) { parseEntityFrame(obodoc); parseZeroOrMoreWsOptCmtNl(); } // set OBO namespace in frames String defaultOboNamespace = h .getTagValue(OboFormatTag.TAG_DEFAULT_NAMESPACE, String.class); if (defaultOboNamespace != null) { addOboNamespace(obodoc.getTermFrames(), defaultOboNamespace); addOboNamespace(obodoc.getTypedefFrames(), defaultOboNamespace); addOboNamespace(obodoc.getInstanceFrames(), defaultOboNamespace); } }
/** * @param obodoc obodoc * @throws OBOFormatParserException parser exception */ public void parseOBODoc(OBODoc obodoc) { Frame h = new Frame(FrameType.HEADER); obodoc.setHeaderFrame(h); parseHeaderFrame(h); h.freeze(); parseZeroOrMoreWsOptCmtNl(); while (!stream.eof()) { parseEntityFrame(obodoc); parseZeroOrMoreWsOptCmtNl(); } // set OBO namespace in frames String defaultOboNamespace = h .getTagValue(OboFormatTag.TAG_DEFAULT_NAMESPACE, String.class); if (defaultOboNamespace != null) { addOboNamespace(obodoc.getTermFrames(), defaultOboNamespace); addOboNamespace(obodoc.getTypedefFrames(), defaultOboNamespace); addOboNamespace(obodoc.getInstanceFrames(), defaultOboNamespace); } }
/** * @param obodoc obodoc * @throws OBOFormatParserException parser exception */ public void parseOBODoc(OBODoc obodoc) { Frame h = new Frame(FrameType.HEADER); obodoc.setHeaderFrame(h); parseHeaderFrame(h); h.freeze(); parseZeroOrMoreWsOptCmtNl(); while (!stream.eof()) { parseEntityFrame(obodoc); parseZeroOrMoreWsOptCmtNl(); } // set OBO namespace in frames String defaultOboNamespace = h .getTagValue(OboFormatTag.TAG_DEFAULT_NAMESPACE, String.class); if (defaultOboNamespace != null) { addOboNamespace(obodoc.getTermFrames(), defaultOboNamespace); addOboNamespace(obodoc.getTypedefFrames(), defaultOboNamespace); addOboNamespace(obodoc.getInstanceFrames(), defaultOboNamespace); } }